In nerazzurro giocò 234 partite e in campionato per oltre quattro anni non saltò neanche un incontro. Al primo Derby senza Pagliuca in porta, l’Inter perse contro il Milan all’ultimo secondo. Nel frattempo, il “gatto di Casalecchio” si era trasferito a Bologna, dove continuò ad altissimi livelli, fino a terminare la carriera con un’ultima stagione in serie A, con la maglia dell’Ascoli, alla ragguardevole età di quarantun anni.
Il mancato rigore di Iuliano su Ronaldo nel ’98 spense ogni speranza di vincere uno Scudetto con la maglia dell’Inter. Pagliuca quel giorno era capitano, parò un rigore a Del Piero e ringhiò contro l’arbitro Ceccarini, ma non servì a nulla. Quindici anni dopo, quando gli chiesero di commentare quell’episodio rispose amaro: “Se penso a quella partita provo un’immensa tristezza”. Si consolò vincendo la Coppa Uefa del 97-98, unico suo trofeo in nerazzurro. E in quella vittoria ci mise del suo con parate decisive in tutti i turni superati: negli ottavi contro lo Strasburgo, nei quarti contro lo Schalke 04 e in semifinale contro lo Spartak Mosca, prima del trionfo contro la Lazio.
Non lo sapeva ancora ma la parata su Weah all’ultimo istante di un Inter-Milan del marzo ’99 finito 2-2 sarebbe la sua ultima in un Derby. La stessa parata che gli consentì di battere un record: con lui in porta l’Inter non perse mai una stracittadina in campionato. Gianluca Pagliuca in cinque anni di Inter ha sfornato miracoli a ripetizione, nei derby parava anche l’impossibile. Ma alla fine della stagione ‘98-‘99 le strade di Pagliuca e dell’Inter si divisero. Fu la fine di un amore durato cinque anni, forse con meno soddisfazioni di quanto avrebbe meritato.